紫外线水处理系统为个人水源、湖泊等地表水以及收集的雨水的物理处理提供了一种低维护选项。为了使中压紫外线消毒器完全有效，灯产生的UVC光需要能够不受阻碍地通过水，以便它可以灭活存在的任何微生物。这就要看水透射紫外线的能力——称为紫外线透射率（UVT）。
一般来说，为了有效处理，水源的紫外线透射率（UVT）需要大于75%。棘手的部分是UVT与水的视觉清晰度没有直接关系。例如，拿一杯蒸馏水，加入一茶匙糖。一旦糖完全溶解，水看起来就会像以前一样清澈。但UVT将从%下降到5%。其他许多水污染物也会产生类似的影响。
常见的地下水污染物包括硬度矿物质和铁，这些物质都会吸收紫外线光，从而阻止完全净化水。这几种矿物质都很麻烦，因为随着时间的推移，它们会沉积或污染石英套管。产生的白色涂层或堆积物，就像在家中使用硬水时在玻璃器皿和管道上发生的情况一样。同样，这种积聚导致紫外线剂量减少和消毒不完全。
预处理是确保中压紫外线消毒器有效净化水的关键部分，为了水质有更高的紫外线透射率，为确保高水平的微生物灭活，请始终在紫外线系统之前使用过滤器。