纯水机与超纯水机首先从名称就能够区分开来，纯水机用于制取纯水，而超纯水机则用于制取超纯水。
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因制水标准不同所以制水工艺就有所不同。与纯水机不同的是超纯水机中在反渗透膜后面装有纯化柱，采用纯化柱对所产纯水进行进一步的深度脱盐，最终达到实验室用水国家标准，一级水标准。
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纯水机是通过五级过滤方式，主要过滤掉了自来水中所有的有害物质，出来的水是可以饮用的纯净水，相当于市场上销售的纯净水，不能用于实验过程中。
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由此看来超纯水机与纯水机在制水工艺上有明显的区别。
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实验室超纯水机根据不同实验对水质的需求设有双流路出水口，因此在使用过程中用户需要注意，一级水的成本要比三级水的成本高，如果能够使用三级水就尽可能的不要去使用一级水，避免增加成本负担。
超纯水机又称做：超纯水器，超纯水设备，超纯水仪，超纯水系统，实验室超纯水器等。超纯水机所生产的超纯水电阻率一般应大于10兆欧，10兆欧以上的水才叫超纯水。一般超纯水出水能达到18.25兆欧。
1、原理的差异
纯水机产生的水是纯水，纯水又称纯净水，是指以符合生活饮用水卫生标准的水为原水，通过电渗析器法、离子交换器法、反渗透法、蒸馏法及其他适当的加工方法，制得的密封于容器内，且不含任何添加物，无色透明，可直接饮用的水。市场上出售的太空水，蒸馏水均属纯净水。
超纯水机是在纯水机上的升华，即超纯水是在纯水的基础上进一步将水中的导电介质几乎*去除，又将水中不离解的胶体物质、气体及有机物均去除至很低程度的水。电阻率大于18MΩ*cm，或接近18.25MΩ*cm极限值。超纯水是一般工艺很难达到的程度，可以将微滤技术、超滤技术、反渗透技术、EDI技术，离子交换技术中的两种及以上的技术，通过合理的工艺设计，设备选型，方可制造出超纯水，电阻率可达18.20MΩ*cm。
2、性能的区别
电导率不同：纯水电导率在2-10us/cm之间，超纯水的电导率为0.us/cm；
制造的难易程度不同：目前市场上使用的纯水基本上都是经过反渗透、蒸馏等方法制得，而超纯水是在纯水的基础上还要经过光氧化技术、精处理和抛光处理等一系列复杂的纯化技术制得的。
指标不同：重金属、细菌、微粒数等指标也大不相同，纯水杂质含量是ppm级，而超纯水为ppb级，简单地说超纯水中已经没有什么杂质，接近于理论上的水。
要求不同：对输送管道材质的要求也不相同，超纯水对输送管道材质的要求要比超纯水严格的多。