环境监测实验室在处理废水污染物时，不同的废水需要采用不同的防治措施，所以，环境监测实验室必须合理、科学地分类处理废水污染物，杜绝出现混乱储存的情况。如果分类不好，还可能会发生二次化学反应。在处理酸碱废水时，可以采取中和处理的方法，即利用大量的水稀释它，使其达到可排放的标准。在处理含有重金属元素的废水时，可以采用电解的方法，利用直流电使其产生氧化还原的化学反应，让重金属元素等污染物质在阴极上发生直接性的还原。对于部分可回收的有机废水，可以采取蒸馏或干燥等回收方式，然后再次利用。不可回收的有机废水则可以利用多种废水处理的新技术，比如使用Fenton试剂。对于含有砷或氰等剧毒的废水，可以分别采用絮凝共沉法和碱性氯化法。对于生物毒性废水，可采用高温灭活的方法。此外，对于无废水处理条件的实验室，应该严格分类废水，用特定的装置容器收集废水，并贴上标签，注明该废水的污染性质和收集日期，密封保存，以便于后期的移送处理管理。
环境监测实验室应加强治污能力，建立健全废水处理制度及相关规定，重视先进技术的推广应用。工作过程中，实验室工作人员应秉承绿色、环保、安全、健康的实验理念，以无毒替代有毒，以低毒替代高毒，以少量替代大量。充分利用、循环使用、回收利用各类物质，将实验监测对环境的负面影响降到最小值。