培菌工序是使根霉菌、酵母菌等在熟粮上生长发育，以提供淀粉变糖、糖变酒必要的酶量的阶段。箱上培菌好坏直接影响产酒：而培菌好坏又与曲药质量密切相关。要求出箱时，全箱清糊、绒子、甜香一致：培养出来的根衔菌、酵母菌纯壮，酶活力强，才能多产酒。
1、摊晾及撒曲
摊晾的目的是使出甑粮食迅速均匀地冷至适合酿酒微生物繁殖的温度。摊晾的要求是尽量缩短摊晾时间，减少杂菌感染，具体办法有：
①低倒匀铺
低倒可以使熟粮与摊席接触的温度高达80℃以上，从而起到部分杀菌作用。匀铺是指使熟粮倒在摊席上厚薄均匀，以达到撒曲时的温度一致。
②先倒后翻
先倒后翻可使先出甑的熟粮降温减慢，后出甑的降温加快.
以达到品温均匀一致，避免因品温相差过大造成培菌与发酵不良的后果。若后倒先翻、横倒直翻或乱倒乱翻等会使熟粮品温相差很大。
③头匀二细
头匀是指第一次翻粮做到厚薄均匀一致，使熟粮温差小，便于撒头次曲时的品温接近一致。二细是指在撒了头次曲后，用木掀将熟粮截细，增大熟粮表面面积，使温度下降加快和曲粉拌得更均匀。
摊晾工艺要求：
①摊晾场地及工具应清洁卫生。
②摊踪要迅速，品温要均匀。
③要掌握好下曲温度和下曲量，撒曲要均匀。
④正确判断箱的老嫩，适时出箱。
撒曲温度、收箱温度等要视室温而定。撒曲温度过高，对培菌不利，易与致箱温上升快，糖化效果不好：若撒曲温度过低，经翻拌、收箱等操作过程导致收箱温度偏低，箱温上升慢，培菌槽易粘泥。
在正常情况下，可以根据下列条件来掌握：
①曲的质量
曲的质量与小曲白酒出酒率和质量密切相关。
②水的性质
普通酿造用水大都是中性或微酸性，用曲量较少：水为藏性者，用曲量要适当增加。
③季节变化
一般冬季多用，夏季少用。通常在培菌工序除控制进箱温度和箱的面积、厚度外，曲药的多少也可决定培养的时间和箱的老嫩。若发酵时吹得过猛，酒会带苦、酒花不绵、蒸馏后糖子因水分不够而发黑，是用曲量过多的象征，应立即减少用曲。
2、收箱培菌
(1)培菌箱的作用
小曲白酒酿造最大的特点是用很少量的曲而能达到发酵良好的目的。之所以如此，主要是在发酵前，通过扩大培菌箱培养起的作用比较大，它为发酵工序创造了良好的条件。粮食在培菌糖化箱中，由于糖化菌的繁殖使淀粉逐渐变成糖，人工进行控制，不让产糖过多，防止老箱跑糊。同时，酵母菌数亦会增长：敞口操作中不可避免感染醋酸菌和乳酸菌，这些菌在培菌箱中亦逐渐繁殖，出箱糖化槽酸度的增强可证实这一点。
(2)收箱的厚度与温度
要视季节、气温来定，一般来说，冬季收箱温度较高，箱要做厚，夏季收箱温度降低，箱宜做海
(3)培菌工序应注意的问题
①搞奸清洁卫生，减少杂菌感染，要求做到“三勤”，即勤洗箱板、勤洗箱底席和勤洗箱盖席，每隔3-5天洗擦一次，用开水透洗后晒干(或晾干)以减少杂菌污染：勤晒草帘，培养箱上用的草帘和草围边等极易生德，应时常翻晒：勤换箱底稻壳，保持箱底稻壳新鲜、干燥。
②注意培菌阶段升温情况。培菌阶段主要是保证糖化菌和酵母菌的繁殖与生长。据四川小曲白酒厂的经验：在熟粮入箱12小时内，应保持一定限度的最低品温，以后每隔2小时约升温1℃，至27小时出箱时，温度升至33~31℃，这样培菌糟的质量较好。
③夏天出箱偏嫩，冬天出箱偏老。夏天空气中杂菌多，为了适当抑制杂菌的繁殖速度，出箱偏嫩，培菌槽中糖分较少，发酵时升温较缓，有利于酿酒功能菌的繁殖活动。冬天出箱偏老，培菌槽中糖分较多，有助于发酵进行。
①冬天培菌箱要采取保温措施，当室温在10℃以下时，为防止培菌箱发生冷边、硬子等现象，一般在箱板与草围边相隔约4厘米处，用稻壳或当天热糟填充保温：或在培菌糟入箱后用温热配糟填充在箱板与培菌糟之间，厚约4厘米：或用熟丢糟围在箱板的外部，厚约20厘米，以避免天气冷时散热快。
（4）培菌操作过程
将培菌箱清扫干净，铺上少许稻壳和曲粉，将熟粮轻轻地收入箱内。温度较高的收在箱边、箱角，温度较低的收在中部，将粮面修整匀平，再撒少许稻壳和曲粉。收箱温度25~30℃，箱厚10~15厘米。收箱温度、粮层厚度及箱内温度根据季节进行调整。
收箱后，定期检查箱内温度，如温度过低或过高，及时采取纠正措施，培菌管理总的要求是霉菌、酵母菌生长正常，杂菌少，培菌温度不超过38℃，培菌时间22-28小时(冬长夏短)：出箱感官是钱子有曲香，无馊、闷、酒气、味稍甜微酸：全箱均匀，老嫩符合发酵的要求。
(5)箱上常见病害的防治
培菌箱上常见的病害很多，主要是由于箱上的温度过高过低、冷热不均、杂菌侵入及水分含量的多少等原因。
①箱底培菌糟微生物繁殖不均匀
这主要是由于箱底稻壳潮湿或稻壳太薄，造成散热快、温度低。挽救办法：在培菌糟出箱后，将底席洗净晒干，将箱底稻壳犁成行，使湿气蒸发：或更换新鲜稻壳及增加箱底稻壳厚度，并将不好的培菌糟加少量曲粉，拌和均匀后，装入发酵桶中心。
②硬壳、锅巴、冷角、冷边、冷子及底面板等部位的培菌糟的微生物繁殖生长及糖化不良，主要原因是收箱温度过高，培菌槽在箱内敵凉时间长，箱面水分蒸发多：箱板漏风，草帘没盖严，箱底稻壳潮湿或太少，草帘潮湿或太薄：粮食未蒸好，不透心，不均匀：加盖时间不恰当等。为避免上述病害，需及时加盖箱席、草帘及调整箱底的稻壳厚度：在箱外部或内部的四周用热糟保温，或用热糟撒在箱面上等：并将这些较差的培菌糟装在发酵桶中心。
③诞沱沱
箱内有小团发生，使微生物生长不良，以致小团内仍有熟粮气味和带涎现象，主要是由于翻粮时未达到翻匀切细的要求及撒曲不匀。
④烧箱不下糊
培菌箱的温度上升过高，在出箱时既无糖化现象，又无糊水，还有怪味，主要是因为收箱温度过高，加盖草帘过多过早，使细菌繁殖速度加快，霉菌及酵母菌的繁殖速度减慢，致使有酸臭味，情况严重时，霉菌不能生长，使粮食发硬，液化和糖化困难，因而不下糊。挽救办法：出箱摊晾，迅速降温：装桶时再加部分曲粉，并适量加入淡酒尾，以抑制杂菌，利于发酵。
⑤快箱
培菌箱的温度上升快，由于气温高，收箱温度也高：收得厚又垫得厚：或加盖草帘太快等，致使微生物繁殖快，培菌时间短，箱内有闷气.
微生物生长的数量又不够，造成发酵不良。挽救办法：促使箱内迅速散热.以缓和升温速度，对培菌槽的摊晾时间适当延长。
⑥半截箱
出箱时，培菌糟的上半截干、下半截湿，是因熟粮阳水太多进箱后阳水逐渐下坠所造成
⑦酸箱
夏季更易碰到摊晾操作时间过长、清洁卫生差而感染大量生酸菌的问题。因此，要认真搞好环境卫生：注意曲药质量：利用夜间操作：严格控制箱温、箱厚薄：注意阳水掌握。遇到酸箱时，应出嫩箱、装紧桶、往桶(池)底泼酒尾(酒度约40度的热酒尾)，以提高进桶温度。