一、原理
聚丙烯酰胺凝胶电泳是以聚丙烯酰胺凝胶为载体进行电泳的方法（详见实验28）。核糖核酸（ribonucleicacid，RNA）分子在一定pH值的缓冲液中带有电荷，将其放入电场中，则可向与其所带电荷电性相反的电极移动。聚丙烯酰胺凝胶具有分子筛效应，核酸分子大小、形状不同，故在电场作用下，核酸分子在聚丙烯酰胺凝胶中泳动速度不同，依此可达到分离纯化的目的。
二、材料、仪器设备及试剂
（一）材料RNA样品液。
（二）仪器设备
电泳仪，玻璃管，试管架，穿刺针头，注射器。
（三）试剂
（1）20%的单体母液：取重结晶的丙烯酰胺19.0g及甲叉双丙烯酰胺1.0g，蒸馏水溶解，稀至mL。
（2）Tris-硼酸-EDTA（TBE）缓冲液：称Tris.8g，硼酸55.0g，EDTA-Na.9.3g蒸馏水溶解，稀释至0mL，pH为8.3。用于电极缓冲液时再稀释10倍。
（3）β-DMAPN（二甲基氨基丙腈）。
（4）1.6%过硫酸铵溶液：称取0.16g过硫酸铵溶于10ml.水中。
（5）20%蔗糖-0.2%溴酚蓝溶液：取蔗糖20g，溴酚蓝0.2g溶于mL水中。
（6）0.2%甲烯蓝染液：取0.2g甲烯蓝溶于mLpH4.7的0.4mol/LHAc缓冲液中，过滤后使用。
（7）6%HAc液：取HAc60mL加水至0mL。
三、实验步骤
（一）制胶
（1）取玻管（8cm×0.5cm）2支，下端用胶布封闭管口，垂直立在试管架上。
（2）取单体母液3mL、缓冲液1.5mL、3-DMAPN0.06mL、水10mL混匀，再加过硫酸铵0.94mL，混匀后立即分装于各管至刻度处，沿玻管加几滴水封面，静置待凝固。
（二）加样
（1）取少量RNA样品液和RNA标准液分别加入等体积的20%蔗糖和0.2%溴酚蓝待用。
（2）剥去凝胶管下端胶布，倒出凝胶表面水，用电泳缓冲液洗涤凝胶表面三次，凝胶管内加满缓冲液，插入电泳槽中，上下槽加足电泳缓冲液，每支凝胶管加RNA样品10~20μL（含RNA50～μg）。
（三）电泳
接通电泳仪电源，上槽接负极，下槽接正极。开始时电流应小一些，以每支凝胶1~2mA为宜。待样品进入凝胶后增加至每支凝胶3mA，调至所需电流并保持。待溴酚蓝迁移至距凝胶管下端2cm处关闭电源停止电泳，取出凝胶管。
（四）染色及观察
（1）用5mL注射器吸满蒸馏水，安上穿刺针头，针尖紧贴玻管壁，边旋边向凝胶管侧壁注入水剥离凝胶。
（2）将凝胶放入染色液中染色1h，再用6%HAc脱色，更换数次脱色液，直到背景清晰，一般需脱色24h。
（3）将凝胶泡在6%HAc中，取出后在紫外灯下观察，比较不同样品的电泳区带。